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Un total de 37 cultivares de yuca, colectados en cuatro departamentos de Nicaragua, fueron investigados mediante microsatélites, para revelar la diversidad genética y evaluar las relaciones filogenéticas con cultivares mejorados, con perspectiva a garantizar un manejo sostenible de los recursos genéticos que dispone el país. Los análisis de diversidad y diferenciación genética fueron desarrollados a partir de los datos obtenidos de nueve marcadores microsatelitales (SSR). Se detectó un total de 47 alelos y el número de alelos por locus varió de tres a nueve. Se encontró un alto índice de diversidad genética con 0.61. El valor promedio del Coeficiente de Información Polimórfica fue de 0.60. Esto demostró que los marcadores más informativos y polimórficos fueron GA-131, SSRY 100 y GA-12. El análisis molecular de varianza mostró una mayor diferencia dentro del grupo, no así entre grupos. La mayor distancia genética, se encontró entre el grupo de Matagalpa con el de Río San Juan, con menor distancia la Región Autónoma del Atlántico Sur con las Internacionales, mientras que el grupo de Río San Juan y León, presentaron la mayor identidad genética. El Análisis de Componentes Principales permitió identificar duplicidad dentro de las accesiones colectadas.

Palabras clave: accesiones, alelos, locus, yuca.