A pesar de que se han desarrollado protocolos para propagar un gran número de especies forestales por cultivo in vitro, la contaminación fúngica de los explantes constituye uno de los problemas fundamentales que limita su aplicación. Los objetivos de este trabajo fueron identificar la micobiota de plantas donadoras y los hongos filamentosos contaminantes del establecimiento in vitro de explantes de cinco especies forestales (caoba, teca, majagua, pino y cedro). De plantas donadoras se tomaron explantes que se colocaron en cámara húmeda. Se realizaron preparaciones directas al microscopio óptico del crecimiento fúngico, se aislaron e identificaron los géneros presentes. Además, se aislaron e identificaron los hongos filamentosos contaminantes de la fase de establecimiento. Se identificaron 11 géneros fúngicos presentes en las plantas donadoras y 20 como contaminantes del establecimiento in vitro. Botryodiplodia, Cephalosporium, Diplodia, Dreschlera, Geotrichum, Gloeosporium Helminthosporium, Memnoniella, Oidiodendron y Rhinoclediella aparecieron solamente durante la fase de establecimiento, mientras que Alternaria, Aspergillus, Cercospora, Curvularia, Cladosporium, Colletotricum, Fusarium, Nigrospora, Penicillium y Pestalotia se detectaron en plantas donadoras y durante la fase de establecimiento, lo que indicó que el explante inicial fue la posible fuente de contaminación. Los géneros más frecuentes fueron Botryodiplodia en teca, Nigrospora en majagua y Alternaria en pino, cedro y caoba. A partir de estos resultados se elaboró un plan de defensa fitosanitario para plantas donadoras que incluyó fungicidas sistémicos y de contacto cuyo espectro de acción cubría los géneros de hongos identificados.

Palabras clave: caoba, cedro, contaminación microbiana, majagua, micropropagación, pino, teca