Se realizó la caracterización molecular de 37 ecotipos de cocoteros (Cocos nucifera L.) pertenecientes a una población natural del municipio de Baracoa, provincia Guantánamo empleando la técnica Repetición de Secuencias Inversas Marcadas (ISTR). El análisis molecular ISTR detectó un polimorfismo del 93%, demostrando la potencialidad de este marcador para realizar estudios de diversidad molecular en el cocotero. El porcentaje de identificación fue alto (Pi=86%), lo cual sugiere que las combinaciones de oligonucleótidos empleadas pudieran ser utilizadas para estudios de identificación de ecotipos en poblaciones de cocotero de la zona de Baracoa. La evaluación de la diversidad en los diferentes ecotipos de cocoteros mediante marcadores ISTR mostró que se cuenta con un nivel de variabilidad bajo dentro de la población estudiada. Esto pudiera deberse a que durante el proceso de surgimiento de las poblaciones de cocoteros en dicha zona, se introdujeron cocoteros que involucraron un número de semillas relativamente pequeño o, materiales procedentes de poblaciones con baja diversidad.

Palabras clave: marcadores moleculares, polimorfismo, variabilidad