Chenopodium quinoa Willd (quinua) es un pseudo cereal que ha ido ganando protagonismo productivo en varias regiones debido al aumento de la demanda del mercado de consumo. En la búsqueda de la reducción de las pérdidas de productividad causadas por organismos patógenos, este trabajo tuvo como objetivo evaluar el potencial citogenotóxico de extractos acuosos de Syzygium aromaticum, posible tratamiento alternativo de semillas de quinua. Las semillas fueron tratadas con extractos producidos a partir de flores de S. aromaticum al 2, 4, 6 y 8%. Se incluyó un control con agua. Se evaluó la germinación, primer recuento de germinación, índice de velocidad de germinación, emergencia y sanidad. El diseño fue completamente aleatorizado, compuesto por 100 semillas en cinco tratamientos. Se cuantificó la incidencia de hongos y posteriormente, se realizó la prueba de citogenotoxicidad en Allium cepa. Se observó que el tratamiento de semillas de quinua con extracto acuoso de S. aromaticum solo afectó la germinación y el vigor a la mayor concentración empleada (8%) y redujo la incidencia de hongos. Se demostró un efecto negativo sobre la división celular pero no efecto genotóxico. Empleado al 4% (m/v) podría ser una alternativa para el tratamiento de semillas de quinua.